タバスコと同じ症状が出てきたため島トウガラシも撤収。
症状をまとめてみると、
・初期は葉の縮れ
・茎の褐色化
・先端1/3の新芽に褐色の斑点
・先端1/3の新芽の落葉
この方のトウガラシと全く同じ症状です。
http://habanero.dtiblog.com/blog-entry-57.html
タバコモザイク病（TMV）ではないかとの見解です。
根は十分に広がっています。
これで生育不良を起こすということは病気で間違いなさそうです。
念のため周囲の土ごと入れ替えましたが、恐らく市民農園ではこの病気が蔓延していると考えたほうが無難でしょう。
既にスパイシーな畑ではなくなっていますが、この場所にはトウガラシではなく別の品種に植え替えたほうがよいのでしょうね。